Mustafa Kemal Samsun'da Anadolu topraklarına ayak bastıktan sonra milli kurtuluş davası için girişimleri ses getirmeye başlamıştı. Anadolu'daki çalışmalarından kuşkulanan Padişah ve Damat Ferit Paşa, milli harekete karşı cephe almışlardı.
İstanbul Hükûmetinin içinde bulunduğu gaflet, Anadolu'daki kurtuluş hareketinin anlam ve genişliğini anlamasına engeldi. Damat Ferit Paşa, Paris konferansından dönüşünde, Anadolu'daki uyanış hakkında verdiği demeçte:
"Altı hafta gaybubetim esnasında Anadolu'da iğtişaş (kargaşalık, karışıklık) başlamış olduğunu hayretle gördüm" demişti. Erzurum Kongresi'ni ise bir isyan hareketi olarak kabul ettiğini ilan etti.
Damat Ferit Paşa Milli Kurtuluş teşkilatını yıkmak için Mustafa Kemal'i ortadan kaldırmağa karar verdi. 18 Haziran 1919'da İçişleri Bakanı Ali Kemal, valilere çektiği telgrafta Mustafa Kemal'in işten çıkarıldığını, emirlerinin dinlenilmemesini bildirmişti. Fakat bundan bir sonuç çıkmadı.
"Doğu Anadolu Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti", Doğu illerinin Ermenilere verilmesine engel olmak için kurulmuştu. Daha köklü kararlar almak üzere bir kongre toplamağa girişmişti. Doğu illerine birer genelge göndererek, kongreye delegeler davet etti. Mustafa Kemal kongrede bulunmak üzere Amasya'dan Sivas'a geldi. Oradan Erzurum'a geçti (3 Temmuz 1919). Her yerde halk tarafından coşkun sevinç gösterileri ile karşılandı.
Mustafa Kemal Erzurum Kongresiyle meşgulken, O'nun bu hareketlerinden endişelenen Saray ve İstanbul Hükûmeti, İngilizlerin kışkırtmasıyla kendisini geri çağırdı. Mustafa Kemal gelemeyeceğini kesin olarak bildirince, 8/9 Temmuz gecesi resmi memuriyetine son verildi. Aynı gece, O da Padişaha ve Harbiye Nazırına birer telgraf çekerek "memur olduğu göreviyle birlikte pek çok sevdiği kutsal askerlik görevinden de istifa" ettiğini yazdı.
Bu olayı Büyük Nutuk'ta şöyle anlatır:
"Keyfiyet, tarafımdan ordulara ve millete tebliğ edildi. Bu tarihten sonra resmi sıfat ve salahiyetten mücerret olarak, yalnız milletin şefkat ve civanmertliğine güvenerek ve onun bitmez feyiz ve kudret membalarından ilham ve kuvvet alarak, vicdani vazifemize devam ettik."
Bu sırada Üçüncü Ordu Komutanı Kazım Karabekir Paşa'nın tutumu, kurtuluş yolunun en onurlu sayfalarından biriydi.
Erzurum Kongresi, 23 Temmuz 1919'da, bir okulun salonunda ilk toplantısını yaptı. On dört gün sürdü. Kongre, başkanlığa oy birliği ile Mustafa Kemal'i seçti. Mustafa Kemal, kongreyi bir konuşmayla açtı. Bir konuşmasında, ulusun içine düştüğü tehlikeyi belirtti. Verilen haksız yargıların er geç iflas edeceğini söyledi. Bunun için de "milli iradeye" dayanan bir hükûmetin kurulmasını ilk hedef olarak gösterdi.
Erzurum Kongresi, bir tüzük hazırladı. Kararlarını bildiren bir de bildiri yayınladı. Bir Temsil Heyeti seçerek dağıldı. Bu heyetin görevi, kongrede alınan kararları gerçekleştirmekti. Temsil Heyeti Başkanlığına Mustafa Kemal seçildi. Kongre sonunda Mustafa Kemal şöyle demişti: "Tarih kongremizi, ender ve büyük bir eser olarak kabul edecektir."
Erzurum kongresinde, bir yandan, vatanın ayrılmaz bir parçası olan, Doğu illeri halkının, düşmanla mücadele için, elbirliği ile çalışması kararlaştırılmış, bir yandan da milli bir istek olarak, İstanbul'daki Meclis-i Mebusan'ın toplanıp gereken önlemleri almasının gerektiği vurgulanmıştı.
Erzurum'da başlayan yerel kongre akımı, Batıda Yunan tehdidi altında bunalan Marmara ve Ege bölgelerinde devam etti. 26 Temmuz 1919'da Balıkesir'de, 6 Ağustos'ta Nazilli'de, 16 Ağustos'ta Alaşehir'de kongreler toplandı. Bu kongreler sonucunda "Kuvayi Milliye" adı altında vatansever milis güçleri kuruldu.
