Girit'i üs olarak kullanan Malta korsanları, Doğu Akdeniz'de Osmanlı güvenliğini ciddi olarak tehdit etmekteydiler. İstanbul'dan Mısır'a gönderilen darussaâde ağası Sünbül Ağa gemisinin yağması, Venedik'e savaş ilanı ve Girit'in fethi için fırsat verdi. Girit'e hareket eden donanma, 73 kadırgadan oluşuyordu.

Girit fethine hareket eden donanmada, 3000 yeniçeri, 14.000 kapıkulu sipahisi, 50.000 timarlı sipahi vardı. Girit deniz seferi, Osmanlıların 1570 Kıbrıs seferinden beri en büyük denizaşırı seferdi. Donanma, İstanbul'dan hareketle karşılık görmeden Girit'e vardı. Hanya kuşatmada teslim oldu

Kolay başlayan Girit seferi Osmanlı Devleti'ni 24 yıl uğraştıracaktır. Bu zaman içinde Venedikliler deniz egemenliğini sağladılar; güçlü donanmalarıyla Ege Denizi'nde kontrollerini kurdular; Çanakkale Boğazı'nı abluka altına alarak İstanbul'dan Girit'e yardım gitmesini önlediler, hatta Osmanlı payitahtını tehdit ettiler. Bu dönemdeki ciddi mali ve askeri bunalımların önemli bir nedeni, uzayan Girit seferidir.

Kaptan-ı Derya Yusuf Paşa'nın Girit'te çetin bir kuşatma sonunda önemli Hanya Kalesi'ni fethi, İstanbul'da sevinçle karşılandı.

Girit'teki bu gelişme Avrupa'da büyük yankı yaptı. Venedik donanmasıyla papa, Malta, Floransa ve İspanya yardım gemileri Girit'te Suda limanına geldiler. Girit savaşı tekrar Haçlı Hıristiyan Avrupa ile boy ölçüşme haline geldi. Savaş, yeniçeriler ve eyalet askeri üzerinde bazı ıslahat önlemlerine yol açtı: Veziriazam Kara Mustafa zamanında kadrodan çıkarılan yeniçeriler, yeniden ocağa alındı; tımarları geri alınan sipahilere tımarları geri verildi, kapıkulu altı sipahi bölüğüne yeniden 2000 kadar sipahi yazıldı. Sipahi bölüklerinden ulûfeci bölükleri Girit'e gönderildi.

1646'da Osmanlı donanması Girit'e tekrar büyük kuvvetler getirdi. Suda Kalesi kuşatıldı. Resni Kalesi saldırıyla alındı 1647'de Osmanlı ordusu, adanın merkez kalesi Kandiye'yi kuşattı. Venedik, adadaki esas kuvvetlerini iyi berkitilmiş Kandiye Kalesi'nde topladı. Kandiye, Girit savaşının kilit kalesi durumunda idi.Kale,Köprülü Fazıl Ahmed Paşa'ya teslim oluncaya kadar Osmanlılara büyük kayıplar verdirmiş, başarısız saldırılar İstanbul'da zaman zaman bunalımlara yol açmıştır.

Venedikliler'i Çanakkale önünde uzaklaştıran ve Limni ile Bozcaada'yı zapt eden Köprülü Mehmed Paşa, Hanya'da kaderiyle başbaşa bırakılan askere rahat nefes aldırabildi. Köprülü'nün oğlu Fazıl Ahmed Paşa ise Avusturya cephesindeki zaferden sonra Girit meselesiyle ilgilenme fırsatı bulabildi. 1666 yılı Kasım ayı başında Hanya'ya ayak bastı ve ertesi yılın 21 Mayıs günü de Kandiye kuşatmasına başladı. Kandiye kalesi 1667 ve 1668 yıllarında şiddetli kuşatmalara dayandı. Fakat, 1669 yılı ağustos ayı sonlarında Venedikliler'in tahammül güçleri iyice tükendi.

27 Eylül 1669 günü 24 yıldan fazla zamandır süren Osmanlı-Venedik Savaşı'nı bitiren andlaşma imzalandı. Kandiye kalesi Türkler'e teslim ediliyordu. Osmanlı İmparatorluğu'na Girit Adası kadar pahalıya malolan başka bir fetih hareketi yoktur. Fazıl Ahmed Paşa'nın iki buçuk yıl devam eden Kandiye kuşatmasında Türkler'in Şehid miktarı çeşitli kaynaklara göre 180 bin ile 245 bin arasındadır.