Restorasyon sırasında mescidin çatısında yapıyı hafifletmek için yerleştirilen Bizans amforalarına da rastlandı. Vakıflar Genel Müdürlüğü ve İtalyan uzmanlarca restorasyonu yürütülen Fatih’in Zeyrek Mahallesi’ndeki tarihi Şeyh Süleyman Mescidi’nin bodrum katında 1700 yıllık olduğu tahmin edilen “pagan mezarlığı” bulundu. Çeşitli nedenlerden dolayı zarar görmüş olan mezarlık ve mescidin çatısında yapıyı hafifletmek için yerleştirilen Bizans amforaları da koruma altına alındı.

OSMANLI DÖNEMİNE AİT

‘MED ART1’ adlı proje kapsamında 25 Eylül 2013’te başlayan restorasyon, 7 Kasım 2016’da tamamlandı. Mescidin avlusunda arkeolojik kazılar yapılırken arkeojeofizik, sismolojik testler ve taramalar uygulandı. 19. yüzyıldaki depremlerden ve meydana gelen yangınlardan dolayı zarar gören mezarlığın duvarları, Osmanlı dönemine ait konservasyon çalışmalarından sonra açıkta bırakıldı.