Emir Sultan’ın asıl adı Şemseddin Mehmet’ti. 1368 yılında, Ortaasya'da Buhara'da doğmuştu. Devrin çeşitli bilgilerini öğrenmiş, bu arada tasavvufla da uğraşmıştı. Emir Sultan, Orta Asya'daki birçok bilgin ve fikir adamı gibi, Anadolu'da, Selçuklularla birlikte kökleşen, Türk kültürüne, Türk düşünce hayatına hizmet etmek ve katkıda bulunmak üzere, Anadolu'ya göçmeyi tasarlamış, bu amaçla yola çıkmıştı. Buhara’dan Mekke'ye ve Medine'ye geldi. Buradan da Bağdat yolu ile Anadolu’ya geçti.
1300’lü yıllarda Anadolu toprakları beyliklerinin idaresindeydi. Bu beylikler arasındaki dostluk ve kardeşliği, birlik ve beraberliği sağlamakla manevi olarak görevli olduğunu söyleyen Emir Sultan bu konuda çabalar sarf etmiş, yanında kendisine inanan ve yolunu izleyen müridleri olduğu halde, Anadolu Beylerinden çoğunu ziyaret etmişti. Bir süre Karaman'da ve Kütahya'da oturdu. Daha sonra İnegöl'e geldi. Son durağın Bursa olacağını söylüyordu. Bursa'ya gelerek Gökdere yöresine yerleşti.
Gerçek aşıklara sala denildi
Dertli olan gelsin dermanı buldum
Ah ile vah ile cevlan ederken
Canımın içinde cananı buldum
Akar gözlerimden yaş yerine kan
Zerrece görünmez gözüme cihan
Deryalar nuş edip kanmaz iken can
Aşıklar kandıran ummanı buldum
Aşıklar meydana doğru varırlar
Erenler cem'olmuş verir alırlar
Cümle evliyalar divan dururlar
Cevahir bahşolan dükkanı buldum
Açılmış dükkanlar kurulmuş pazar
Canlar mezad olmuş dellaller gezer
Oturmuş ümmetin beratın yazar
Hakk'a mahbub olan sultanı buldum
Emir Sultan der ne hoş pazar imiş
Aşıklar meydan edip gezer imiş
Cümlenin maksudu ol didar imiş
Hakk'a karşı duran divanı buldum
Osmanlı Devleti'nin başkenti Bursa’ydı. Tahtta Yıldırım Beyazıd (1389-1402) bulunuyor, özellikle Rumeli'ye yeni seferler hazırlıyordu. Devrin ileri gelen bilginlerinden Ebu Hamid Hamideddin, Molla Fenarî de Bursa'ya yerleşmişlerdi. Bir bilim, fikir ve sanat ortamı vardı Bursa'da... Emir Sultan, bu ortamdan faydalanmayı uygun buldu. Gökdere'de bilim ve tasavvuf yolunda aydınlatma çalışmalarına başlamış, çevresinde büyük bir kalabalık toplanmıştı.
Yıldırım Beyazıt, bu olgun bilgini birkaç kez ziyaret etmiş, sohbetlerinden hoşlanmış, kızı Hundi Fatma Hatunu okutması için ricalarda bulunmuştu. Hundi Fatma Hatun gönül sahibi, şair ruhlu, tasavvufa meyli olan yetişkin bir sultandı. Bir süre sonra gönülcüğü, hocasının gönlüne bağlanmış, gözü başka şey görmez olmuştu. Bunu öğrenen Beyazıt, kızını hemen Emir Sultan'a nikâhlayarak, bu tanınmış bilgini damat edindi.
Yıldırım'm Timur ile yaptığı Ankara Savaşı'nda, Emir Sultan da esirler arasındaydı. Timur, Emir Sultan'la görüşmüş, Onun bilgisi karşısında hayranlığımı gizleyemeyerek, Bursa'ya dönmesine izin vermişti.
Yıldırım Beyazıt’tan sonra, İkinci Mahmut zamanında da Emir Sultan, Osmanlı Sarayında saygı görmüş, 1422 yılı İstanbul kuşatmasına katılmış, ordunun manevî desteği ve gücü olmuştu. Emir Sultan, sözleri ve öğütleriyle, Anadolu'nun, aydınlık getiren, özü-sözü doğru bir mürşidi olmuştu.
Gönüller sultanı Emir Sultan, 1429 yılında 63 yaşındayken Bursa'da öldü. Hanımı Hundi Hatun çok sevdiği eşi Emir Sultan için bir türbe, bir de cami yaptırmıştı. Bu camii, 1795 yılında zelzeleden zarar gördüğü için Sultan Üçüncü Selim tarafından yeniden yaptırılmış, çevresi, medrese, hamam, misafirhane gibi hayır eserleriyle donatılmıştır. Emir Sultanın türbesinde, Emir Sultanla birlikte, hanımı Hundi Hatun'un ve üç çocuğunun mezarları bulunuyor.