Bu karamsarlık ve karanlık içinde, bir ses yükseldi. Mustafa Kemal Paşa, bu durumda millî egemenliğe dayalı, bağımsız yeni bir Türk Devletinin kurulmasından başka bir kurtuluş yolunun olamayacağını ortaya koydu.
15 Mayıs 1919'da İzmir'in Yunanlılar tarafından işgalinden bir gün sonra, 9. Ordu Müfettişliği görevine atanan Mustafa Kemal Paşa, karargâhına aldığı bazı arkadaşları ile birlikte, İstanbul'dan Anadolu'ya hareket etti.
Mustafa Kemal'in  19 Mayıs 1919'da Samsun'a ayak basmasıyla birlikte, Türk'ün ulusal egemenliğe geçiş süreci de başlıyordu. Samsun'da ve daha sonra da Havza'da yapılan hazırlıklar ilk kurtuluş ışıklarını yakmıştı. 

19 Mayıs 1919'da ülkenin içinde bulunduğu çıkmazdan kurtuluş için "dört çözüm" ileri sürülmüştü. Bunlar:

1.İngiltere'nin kanadı altına girmek ve Osmanlı Devletini devam ettirmek.
2.Amerika mandası altına sığınmak ve Osmanlı Devletini devam ettirmek.
3.Devlet nasıl olsa parçalanacağından olup bitenleri kabul ederek bölgesel kurtuluşun çaresine bakmak, bir tür "aşiret-beylik devletleri" kurmak.
4.Devletin parçalanmasını önlemek için tüm güçleri Osmanlı Devletinde toplamak.
Atatürk, bu çözüm yollarının  dördüne de katılmıyordu. Çünkü, bu görüşlerin dayandığı bütün gerekçeler "temelsiz" ve "çürüktü".
Atatürk; ulus egemenliğine dayalı, kayıtsız-şartsız bağımsız bir Türk Devleti kurmak görüşü ve kararındaydı. Bu kararını da 19 Mayıs günü Samsun'a ayak bastığında uygulamaya sokmuştu. "Nutuk"da bu kararından bahseden Atatürk, dayandığı kuvvetli muhakeme ve mantıkı şöyle anlatmıştı:
"...Esas (temel), Türk milletinin onurlu ve şerefli bir millet olarak yaşamasıdır... Bu ise, ancak tam bağımsızlığa sahip olmakla elde edilir... Ne kadar zengin ve refahlı olursa olsun bağımsızlıktan yoksun bir millet, medeni insanlık karşısında uşak olmak mevkiinden daha yüksek bir davranışa lâyık olamaz..."
Atatürk verdiği bu kararı iki kelimeyle özetlemişti:
"Ya bağımsızlık, ya ölüm..."

Mustafa Kemal Paşa, uyanmaya başlayan  millî bilinçden de güç alarak tam bir ulusal kurtuluş mücadelesi başlatmak çalışmalarına girişti. İşte 21/22 Haziran 1919 Amasya genelgesi, İstiklal Savaşına bir başlangıç ve milli egemenlik yolunda atılmış ilk adımdı.

Uzun tahlillere girmeden, bu Genelge'de (tamim) şu hususlar yer alıyordu: 

1.Vatanın bütünlüğü, milletin istiklali tehlikededir. 
2.Merkezi Hükûmet, üzerine aldığı yetkileri hakkıyla kullanamamaktadır. Bu hal milletimizin hiçe sayılması sonucuna veriyor. 
3.Milletin istiklalini, yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır. 
4.Duruma çare bulmak, milletin hak isteyen sesini dünyaya duyurmak için her türlü etki ve denetimden uzak bir milli heyetin kurulması gereklidir. 
5.Anadolu'nun her suretle en emin yeri olan Sivas'ta milli bir kongrenin toplanması kararlaştırılmıştır. 
6.Her ilden milletin güvenini kazanmış üç delegenin hemen yola çıkarılması gerekmektedir. 
7.Her ihtimale karşı keyfiyetin milli bir sır halinde tutulması gereklidir. 

Kuşkusuz ki Mustafa Kemal, bir yandan da Ulusal Savunma teşkilatını düşünmekteydi. O zaman, Osmanlı Ordusunun dağılmamış düzenli kuvveti pek azdı. Savaş esnasında milyonlara varan Osmanlı Ordusu, elli bin kişiye inmişti. Üç orduya bölünen bu kuvvetlerden, merkezi Erzurum'da bulunan Üçüncü Orduya Müfettiş tayin olunmuştu. Samsun'a gelince, yalnız kendi müfettişliğine bağlı kolordularla değil, diğer ordu birlikleriyle de ilişki kurdu. Hepsini, milli hakların savunulması, ulusal bağımsızlığın elde edilmesi için direnmeğe çağırdı. Ayrıca İstanbul'da bulunan bazı kimselere birer mektup yazarak, milli birliğin kurulması zorunluluğundan söz etti. Bu mektupların birinde: Artık İstanbul Anadolu'ya hakim değil, tabi olmak mecburiyetindedir demişti.