Koca Murat Reis Arnavut kökenlidir. Gönüllü olarak katıldığı Turgut Reis'in yanına yetişmiştir. 1585'te Kanarya adalarına yaptığı seferle de tanınır. Cezayir Büyük Amiralliğine bağlı olarak çalışmış, özellikle 16.yüzyılın sonlarında ün kazanmıştır. Kanunî Sultan Süleyman zamanında Osmanlı donanmasına girdi. Muhiddîn Pirî Reis, Murat Ali Reis komutasında birçok savaşlarda bulunarak yararlılıklar gösterdi.

Barbaros Hayreddin Paşa'nın Haçlı Donanması amirali Andrea Doria ile yaptığı Preveze Deniz Savaşına (1538) Turgut Reis kumandasında, reis olarak katıldı. Savaşta gösterdiği başarı ününü arttırdı. Bu tarihten sonra Turgut Reis'in yanından ayrılmadı ve onunla deniz savaşlarına katıldı.

Daha sonra başarılarından ötürü Necit'te Katif Sancakbeyliğine getirildi. Bu sırada Osmanlılar Hint seferlerine başladı. Kanunî ilk defa Hadım Süleyman Paşa kumandasında bir donanma gönderdi. Portekiz baskısı altında ezilen Hintli Müslüman tacirler ilk seferde Osmanlılara yardım etti. Hadım Süleyman Paşadan sonra Hint kaptanlığına Pirî Reis getirildi. Bu sırada Katif'te bulunan Murat Reis, Basra körfezinin Lahsa kıyısında küçük bir liman şehri olan Katye sancak beyliğine tayin edildi. Pirî ReisPortekizlilerle yaptığı savaşta yenilince donanmayı Basra'da bırakarak geri döndü (1552). Hint seferinde başarısızlığa uğraması yüzünden idam edilen Piri Reis yerine, 1552'de Mısır kaptanlığına Murat Reis atandı.

Dîvan Murat Reis'i Hint kaptanlığına getirdi ve Piri Reis'inBasra'da bulunan donanmasını onartarak Kızıldeniz'e götürmesi emrini verdi. Murat Reis 26 parça gemiyi onarttı. Bunlardan sekizini harekat için Basra'da bırakarak geri kalan 18 parça gemiyle Şattülarap'tan yola çıktı. Basra körfezini geçerek Hürmüz boğazından Aden körfezine çıktı, Umman kıyısında seyretmeye başladı. Burada 25 gemiden kurulu Portekiz donanmasıyla karşılaştı. Yapılan savaşta her iki taraf da kesin bir sonuç alamadı. Birkaç Portekiz gemisi batırıldı. Murat Reis iki gemisini kaybetti. Savaştan ümidini kesen Portekizliler Hindistan'a doğru çekildiler.

Savaş gücü kırılan Murat Reis bunları takip edemediğinden hasara uğrayan gemilerle Kızıldeniz'i geçmenin güçlüğünü anlayarak Basra'ya döndü. Osmanlı Hükümeti bu olayı başarısızlık sayarak Hint kaptanlığını Murat Reis'ten aldı. Görevi Seydi Ali Reis'e verdi (1554). Murat Reis de Akdeniz'de başka bir göreve tayin edildi. 2.Selim ve 3.Murat zamanlarında bir çok deniz savaşına katıldı. 1.Ahmed zamanında Mora Sancakbeyi oldu.

Son olarak Kıbrıs'ın Baf limanı önünde Maltalılarla savaştı. Kara Cehennem Cengi denen bu savaşta (1609) bu adı taşıyan 90 toplu Malta kalyonuna karşı bir gün çarpıştı, sonra yaralandı. Cengi Osmanlılar kazanarak 10 Malta gemisinden 6'sını esir aldılarsa da göğüs göğüşe çarpışmalarda Murat Reis ağır yaralandı ve şehit oldu. Vasiyeti üzerine Rodos'a gömüldü. Şehit olduğunda 103 yaşındaydı!

Çok saygı duyulan, cesur ve tedbirli bir denizci olan Murat Reis'in Rodos'daki mezarı eskiden denizciler tarafından kutsal bir yer gibi ziyaret edilirdi. Koca Murat Reis bugün Rodos adasındaki Murat Reis Camiinin bahçesindeki Osmanlı şehitliğinde yatmaktadır.